Friedrich Stowasser néven anyakönyvezték, ebből "németesítette" a Hundertwassert (a sto szlávul százat jelent). Teljes művészneve a Friedensreich Regentag Dunkelbunt Hundertwasser volt, ebből a Friedensreich magyarul békével teli, a Regentag esős nap, a Dunkelbunt pedig sötéttarka.

A bécsi Képzőművészeti Akadémiát otthagyta és autodidaktaként tanult tovább, főleg 1951-es marokkói és tunéziai útjai hatottak rá. 1952-ben nyitotta meg első kiállítását Bécsben, egy évvel később megfestette első spirálját, 1958-ban Penészkiáltványt írt az építészeti racionalizmus ellen.

Bejárta a világot Párizstól Tokióig, 1972 és 1983 között öt kontinensen láthatták vándorkiállítását. Utazásai során előadásokat tartott, meztelen performanszokat mutatott be, miközben felolvasta a Meztelenbeszéd a harmadik bőr jogáért című írását. Az ember öt bőréről beszélt, amelyek a saját bőrünk, a ruházat, a ház, a szociális környezet (a családtól a nemzetig) és a globalitás. Már az 1950-es években világpolgárként élt, a civilizáció kritikusaként lépett fel, foglalkoztatta a környezetvédelem kérdése.

A kispolgárt megbotránkoztatni akaró Hundertwasser mozgalmat indított Jogod az ablakhoz - kötelességed a fa iránt elnevezéssel, melyben az ablakok kötetlen elhelyezését és tetőkertek telepítését hirdette; Humuszvécé-kiáltványában javasolta a fekália visszajuttatását a természet körforgásába.

Festészetében, homlokzatterveiben, postai bélyegein, ruhaterveiben harsány színeket alkalmazott, kereste az ember és a természet megbékélésének lehetőségeit. Lenyűgözték a spirális formák, elutasította az egyenes vonalakat, mivel azokat "az ördög eszközének" tartotta. Művészetelméletét transzautomatizmusnak, festészetét organikus festészetnek nevezte, a szürrealisták automatizmusának példáját követte.

Leghíresebb alkotása a bécsi Hundertwasser ház, s a közelében lévő múzeum, ahol a festő műveiből állandó kiállítás látható. Az 1983-1985 között épült ház meghatározhatatlan formái, a tetején és erkélyein létesült kertjei, hullámzó padlói és környező járdái, a logikát nélkülöző változatos szerkezeti elemei, burkolatai és aszimmetriái látogatók tízezreit vonzzák. A házzal szemben a művész által tervezett kis "bevásárlóközpont" található, itt főleg ajándéktárgyakat árusítanak, de látványosság a vécé is, amelyre alkotója különös figyelmet szentelt. Hundertwasser 1981-ben a bécsi Képzőművészeti Akadémia professzora lett, s megkapta a nagy Osztrák Állami Díjat. Utolsó vállalkozása 1999-ben a magdeburgi Hundertwasser ház volt, melynek felavatását már nem érhette meg: 2000. február 19-én halt meg egy hajón a Csendes-óceánon, úton Új-Zélandból hazafelé.